Empezó sus estudios de piano a la edad de 7 años bajo la tutela de su padre, el profesor Tomás Guillermo Vizcarra. Su primera presentación fue a la edad de 11 años y su primer recital a los 14.
Vizcarra obtuvo el grado de Bachiller en Artes otorgado por la Universidad Nacional de San Agustín de Arequipa. Además tuvo la oportunidad de seguir estudios de piano con los maestros Teresa Quesada y Nicolai Maloff en el Conservatorio Nacional de Música.
En 1999, cursó estudios en el Conservatorio Rimsky-Korsakov de San Petersburgo, Rusia, con el maestro Vladimir Shakin.
La carrera de Juan Guillermo Vizcarra lo ha llevado a tener presentaciones en varios escenarios nacionales como internacionales, entre el Pepsico Recital Hall y Ed Landreth Auditorium en Texas Christian University, USA, Sala de Conciertos del Conservatorio Rimsky Korsakov de San Petersburgo, Rusia, Conservatorio Nacional de Música de Perú, Centro Cultural de la Pontificia Universidad Católica, Instituto Cultural Peruano Norteamericano de Lima y Arequipa, Instituto Cultural Peruano Alemán, Teatro Municipal de Arequipa. Igualmente a ofrecido conciertos como solista con la Orquesta Filarmónica de Lima, Orquesta Sinfónica Nacional y la Orquesta Sinfónica de Arequipa.
Vizcarra ha acumulado varios honores en su carrera, el más reciente en el Concurso Internacional de Piano Ludmila Knezkova-Hussey en Canadá donde obtuvo el Tercer Premio en junio del 2004. Es ganador del Premio Southern Peru al Talento Musical (1998), Primer Premio en el Tercer Concurso de Piano, Bela Bartok, 1996, Primer Premio en el Segundo Concurso de Conciertos de Piano, Bela Bartok, 1995, y Segundo Premio en el Segundo Concurso de Interpretación Musical, Wolfgang Amadeus Mozart (1991).